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Cuando la amígdala se activa, no actúa sola. Se comunica con el hipotálamo y con regiones del tronco encefálico que coordinan cambios fisiológicos vinculados con el estado de alerta. Entre esos cambios pueden aparecer aumento de la vigilancia, aceleración del pulso, modificaciones en la respiración y mayor tensión muscular. También orienta la atención hacia el estímulo que el cerebro considera relevante.